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Die Region um Schwanebeck ist nachweislich seit der römischen Kaiserzeit besiedelt. Für die Zeit um das Jahr 920 ist der Bau der Wallanlagen der Ysimidiburg überliefert. Ende des 10. Jahrhunderts wurde der Ort erstmals als „Suanebecke“ genannt. Im Jahr 1062 war das Dorf Schwanebeck und die Ysimidiburg im Besitz des Bischofs von Augsburg. Für das 12. Jahrhundert ist ein eigener Schwanebecker Adel nachgewiesen, angenommen wird als Halberstädter Ministerialen. 1142 wird Sifridus de Swanebeca genannt.
Die Schwanebecker Wasserburg wurde im Jahr 1202 durch Bischof Conrad von Halberstadt zerstört, angeblich wegen Unbotmäßigkeit derer von Schwanebeck. Trotzdem erscheint Otto von Schwanebeck sowohl vor als auch nach dem IV. Kreuzzug (1202 bis 1204) im bischöflichen Gefolge. Im Jahr 1270 wurde Schwanebeck erstmals als Stadt beurkundet. Die Burg Schwanebeck war zuvor, wohl nach der Zerstörung, an die Grafen von Regenstein gekommen, die sie dann sicherlich wieder aufbauen ließen. In jenem Jahr 1270 überließen die Regensteiner die Burg den Braunschweiger Herzögen. Im Jahr 1307 verkauften die Grafen Burchard von Mansfeld und Heinrich von Regenstein Burg und Stadt für 1200 Mark an Bischof Albrecht von Halberstadt, wonach das Hochstift Halberstadt Lehnsherr wurde. Aber bereits im Jahr 1314 wird die Burg wieder im Besitz der Regensteiner genannt.
Anfang des 14. Jahrhunderts starb mit Otto von Schwanebeck der letzte Vertreter seines Geschlechtes. Danach folgte wechselnde Verpfändungen und Wiedereinlösungen: 1323 Schenke von Flechtlingen, 1363 Herren von Bodendiek, dann Herren von Wigenrode. Um das Jahr 1400 wurde die Stadtmauer fertig gestellt, in die der Panneturm integriert wurde. Im Jahr 1440 löste Bischof Burchard von Halberstadt Burg und Stadt von den Herren von Wingerode wieder ein, um den Besitz aber sofort wieder an die Herren von Spiegel neu zu verpfänden. Lehensleute von 1491 bis 1637 waren die Herren von Wrampe, es folgten die Herren von Spitznas. Im Jahr 1704 wird die Burg im Besitz des Kriegsrates Freiherr von Dankelmann genannt. Wann die Burganlage aufgegeben wurde ist nicht bekannt. Nach 1818 wurde das Burggelände in einzelne Privatgrundstücke aufgeteilt und zum Teil neu bebaut.
Trotz aller baulichen Eingriffe lässt sich die Entwicklungsgeschichte des Stadt-(Burg)-Kern von Schwanebeck noch recht klar herausschälen. Die ehemalige Wasserburganlage liegt am Nordrand der Altstadt von Schwanebeck, etwas aus der Stadtmauerflucht hervorspringend, zwischen Annabach und Stephansbach, die beide der Holtemme zufließen. Das Burggelände hat eine rechteckige Grundfläche von 75 x 100 m. Dieses ist durch einen Umbau im Jahre 1590 sowie einen neuzeitlichen Straßendurchbruch grundlegend verändert und zerteilt. Ein spätgotisches „Burghaus“ wurde im Jahr 1908 abgebrochen. Erhalten sind noch ein Teil der südlichen Ringmauer und die Ruinen dreier rechteckiger Mauertürme.
Es soll eine Urkunde aus dem Jahr 1481 geben, die von H. Kremmling („Chronik der Stadt und Landgemeinden des Kreises Oschersleben sowie Bilder aus der Geschichte des Harzgaus und angrenzender Gebiete“, Oschersleben 1911) sowie von Erhard Rohlandt und Kurt Rausche („Chronik von Wulferstedt“) in ihren Werken beschrieben wurde. Diese Urkunde hat der Magistrat der Stadt Schwanebeck dem Bischof der Huysburg zugefertigt. In ihr werden angeblich die Namen von zwei Kriegern genannt, die laut der Urkunde in der Varusschlacht fochten; sie hießen Horst und Cattwalda.
In der Urkunde soll genau bezeichnet sein, wo die „villa rustica“ von Horst stand, nämlich
zwischen Flathberg und Lindberg.